Keahlian Jawatankuasa Pengurusan Universiti (JKPU) adalah berdasarkan kepada Seksyen 23. (1) Akta Universiti dan Kolej Universiti (AUKU) 1971, Perlembagaan Universiti Sains Islam Malaysia seperti berikut:
1. Naib Canselor sebagai Pengerusi
PROFESOR DATO’ DR. MOHAMED RIDZA WAHIDDIN
Naib Canselor
B.Sc (Hons) Physics (Manchester), M.Sc (Theoretical Physics) (Manchester), Ph.D (Theoretical Physics) (Manchester), Diploma in Islamic Studies (IIUM), DSc (Higher Doctoral Degree) (Manchester)
2. Semua Timbalan Naib Canselor
PROFESOR DR. MOHD RADHI IBRAHIM
Timbalan Naib Canselor (Akademik dan Antarabangsa)
Fakulti Kepimpinan dan Pengurusan
BA (Al-Azhar), MA (Malaya), Ph.D (Edinburgh)
PROFESOR MADYA DR. MOHD RUSHDAN MOHD JAILANI
Timbalan Naib Canselor (Hal Ehwal Pelajar dan Alumni)
Dip. (KUSZA), B.A (IIUM), MA (ISTAC), PhD (Exeter)
3. Pendaftar
DATO’ MUHAMMAD HAIZUAN ROZALI
4. Bursar
SITI NURBAYA ISMAIL
5. Ketua Pustakawan
NOR AZZAH MOMIN
Ketua Pustakawan
M.Sc. Info. Mgt. (UiTM), B.A. (Hons) IRKH (IIUM), Post Gad. Dip. Lib. Sc. (UiTM)
6. Penasihat Undang-Undang
YUHANI JAMIRAN
7. Pegawai Lain Yang Dilantik oleh Naib Canselor
PROFESOR MADYA DR. ASMADDY HARIS
Penolong Naib Canselor (Penjanaan dan Kelestarian Kewangan)
BEc (Hons.) (UUM), Mec (UUM), PhD (UKM)
PROFESOR DR. MOHD YAHYA MOHAMED ARIFFIN
Penolong Naib Canselor (Perancangan Strategik dan Pengantarabangsa)
BA Hons (UKM), MA (UKM), PhD (UM)
IR. AZAHAR AWALLUDIN
PROFESOR MADYA TS. DR. MADIHAH MOHD SAUDI
Ketua Pegawai Maklumat
B.Sc (Hons) Comp. Science (UKM) MSc. Software Eng (UM) Ph.D Computer Security (Bradford) GSEC CERT (SANS Institute,USA) CEH CERT (EC-COUNCIL,USA)